Семен Панкратов — воспитанник московского хоккея. Выпускник хоккейной школы «Динамо» им. А. И. Чернышева.

В 2015 году был выбран московским «Динамо» на Драфте КХЛ под общим 78-м номером. Профессиональную карьеру начал в молодежной команде бело-голубых в 2015 году. Провел в ней четыре сезона. В сезоне 2018/19 дебютировал за команду «Буран» в ВХЛ и основную команду «Динамо» в КХЛ.

Перед началом сезона 2019/20 на счету Семена Панкратова 31 проведенный матч и 3 набранных очка (1+2) в Чемпионате КХЛ.